مجله علوم پزشکی رازی

  روشن شدن اینکه چگونه در یک واکنش دوملکولی پارامتر های ترمودینامیکی تحت تاثیر ساختار ملکولی قرار  می گیرند، بصورت یک نیروی محرکه اساسی در طراحی منطقی دارو درآمده است. اگر ما بتوانیم ساختار یک داروی بالقوه و هدف آن را تعیین کنیم قادر خواهیم بود که ثابت های تعادل کنش واکنش بین آنها را بر اساس یک سری روابط ساده پیش بینی کنیم. با این اطلاعات قادر خواهیم بود که بطور اساسی مرحله زمان و هزینه بر سنتز آنالوگهای داروی راهبر و تعیین پارامترهای تمایل اتصال دارو به گیرنده را کاهش دهیم. و سطح ملکوتی دور از حلال که (∆Cp) به نظر میرسد که معادلات مرسوم راجع به رابطه تغییرات ظرفیت حرارتی بر اساس مطالعات تا خوردگی پروتئین ها و حرارت انتقال در یک حلال آلی تدوین شده اند در بسیاری از کنش و واکنش های بین مولکول دارو و پروتئن گیرنده آن صدق نمی کنند. برای مثال وقتی که ملکولهای آب در سطح تماس وجود داشته باشد اختلافات قابل ملاحظه ای بروز خواهد نمود. بخاطر در دسترس بودن اطلاعات trp با یک الیگونکلئوتید بر اساس توالی اپراتور trp واکنش بین پروتئین رپرسور ساختاری دقیقی راجع به هریک از اجزاء و کمپلکس نهایی، یک مدل ایده آل را برای مطالعه روابط ذکر شده فراهم بدست آمده از مطالعات تیتراسیون کالریمتری ایزوترمال تقریبا دوبرابر مقادیریست که از Cp می نماید. ارزش  محاسبات سطح تماس براساس روابط مذکور بدست می آید. کمپلکس نهایی حاوی تعداد زیادی ملکول آب است که در قرار دارند. این ملکولهای آب به نسبت تغییر ملکولهای حلال بمیزان بیشتری مهار DNA سطح تماس بین پروتئین و شده اند و این محدودین آب در سطح تماس است که در روابط فوق منظور نشده و به نظر ما مسئول اختلاف ذکر شده می باشد. Cp با استفاده از یک سری سیستم هایی که اطلاعات ساختاری دقیقی از آنها در دسترس است اثرات ترمودینامیکی ملکولهای آب در سطح تماس مورد بررسی قرار گرفته است و بر اساس این مطالعات ما اکنون قادریم نتیجه بگیریم که چگونه ملکولهای آب ممکن است در طراحی دارو اهمیت داشته باشند.