مجله علوم پزشکی رازی

زمینه و هدف: یافتن ژن‌های مرتبط با بقا بر مبنای داده‌های بیان ژن، یک کاربرد مهم داده‌های ریزآرایه می‌باشد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن‌های مرتبط با بقای بیماران مبتلا به سرطان متعارف سلول‌های کلیوی با استفاده از داده‌های بیان ژن حاصل از ریزآرایه است.

روش کار: این مطالعه از نوع تحلیل بقای داده‌های ابعاد بالا است. 177 نمونه بیمار مبتلا به سرطان متعارف سلول‌های کلیوی (conventional Renal Cell Carcinoma: cRCC) و برای هر فرد 14814 ژن مورد بررسی قرارگرفته است. برای تشخیص ژن‌های مرتبط با بقا از روش مؤلفه‌های اصلی لاسو (Lassoed Principal Components: LPC) استفاده شده است که از اطلاعات بیان همه ژن‌ها برای محاسبه امتیاز یک ژن استفاده می‌نماید. در نهایت برای تعیین تعداد ژن‌های معنادار از معیار نرخ تشخیص کاذب (False Discovery Rate: FDR) استفاده شده است. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم‌افزار R انجام شده است.

یافته‌ها: بر اساس یافته‌های این مطالعه استفاده از نقطه برش 001/0 برای معیار FDR و بررسی 1041 ژن مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC که به ترتیب اهمیت قدر مطلق امتیازهای LPC بالاتری دارند، امکان بروز کمترین خطا را فراهم آورده است.

نتیجه‌گیری: در این پژوهش پس از رتبه‌بندی ژن‌ها توسط امتیاز LPC برحسب میزان تغییرات بیان مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC، 11 ژن از مهم‌ترین ژن‌های مرتبط با بقا شناسایی شدند. امتیازهای LPC این 11 ژن منفی هستند بنابراین با افزایش بیان این ژن‌ها بقای بیماران cRCC افزایش یافته است و به عبارت دیگر افزایش بیان این ژن‌ها فاکتورهای محافظتی این بیماران به شمار می‌آیند.