مجله علوم پزشکی رازی

به منظور بررسی تمایل اسیدهای آمینه مجاور(دوتایی) در ساختمانهای دوم از نوع مارپیچ آلفا، مکانهای مورد مطالعه در مارپیچ آلفا بدین شکل انتخاب شدند: C’، Ccap، C۱، C۲، C۳، C۴، M، N۴، N۳، N۲، N۱، Ncap، N’. در این مکانها توالی‌های دوتایی مورد بررسی عبارت بودند از: M۱M۲، N۳N۴، N۲N۳، N۱N۲، Ncap N۱، N’Ncap، CcapC’، C۱Ccap، C۲C۱، C۳C۲، C۴C۳. M۲M۳. ترجیح قرار گرفتن هر اسید آمینه در هر جایگاه مارپیچ آلفا و ترجیح قرار گرفتن ۴۰۰ توالی دوتایی در جایگاههای دوتایی مختلف مارپیچ آلفا محاسبه و مقایسه شد. بدین منظور یک بانک اطلاعاتی از مارپیچ آلفا با ۳۷۰۵ مارپیچ طراحی شد و مورد استفاده قرار گرفت. در این بانک مارپیچها حداقل دارای ۷ اسید آمینه بوده و از مجموعه ۶۹۶ پروتئین با تشابه کمتر از ۲۵% تشکیل شده بودند. Single Local Propensity(SLP) برای همه ۲۰ اسید آمینه در جایگاههای مختلف مارپیچ آلفا محاسبه گردید. علاوه بر این Observed Doublet Local Propensity(DLPo) که براساس تکرار اسیدهای آمینه دوتایی استوار است و Expected Doublet Local Propensity(DLPe) که بطور مستقیم از روی SLP اندازه‌گیری می شود نیز محاسبه شد. هر گاه ترجیح قرار گرفتن یک جفت اسید آمینه معین در جایگاه دوتایی خاص از مارپیچ آلفا DLPo بیش از ترجیح محاسبه شده توسط حاصل ضرب جایگاههای تکی در مارپیچ آلفا DLPe باشد یا به عبارت دیگر در صورتی که DLPo>>DLPe باشد، این مسئله تمایل ۲ اسید آمینه خاص را در مجاورت با یکدیگر در آن جایگاه از مارپیچ آلفا نشان می‌دهد. نتایج حاصل نشان داد که توالیهای دوتایی که در آنها DLPo>>DLPe می‌باشد عبارتند از: Met-Thr در مکان N’Ncap، Glu-Pro در مکان NcapN۱، Pro-Arg در مکان N۱N۲، Lys-His در مکان C۲C۱، Thr-Gly در مکان C۱Ccap و در نهایت Gln-Pro در مکان CcapC’. علاوه بر این، اسید آمینه Gly در مکان Ccap با تمایل زیادی همراه اسید آمینه‌های هیدروفوب در مکان C’ مشاهده می‌شود. بررسی تمایل مجاورت اسیدهای آمینه در مارپیچهای آلفا، می‌تواند در طراحی مارپیچهای آلفای جدید موجود در پروتئینها و ایجاد تغییرات مورد نظر در مارپیچهای آلفا مورد استفاده قرار گیرد.