Razi Journal of Medical Sciences
مجله علوم پزشکی رازی
RJMS
Medical Sciences
http://rjms.iums.ac.ir
39
journal39
2228-7043
2228-7051
en
jalali
1397
5
1
gregorian
2018
8
1
25
5
online
1
fulltext
fa
تعیین اپی توپ های ناپیوسته زنجیره سبک ایمونوگلوبولین انسان توسط ایمونولوژی محاسبه ای
Determination of spatial epitopes on human immunoglobulin light chain by computational immunology
ایمونولوژی
Immunology
پژوهشي
Research
<strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زمینه و هدف</span></span></strong>: <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولینها</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">(Igs) </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> گروهی از پروتئینهای سرم هستند که نقش مهمی در دفاع علیه میکروارگانیسم ها بر عهده دارند. ایمونوگلوبولینها از زنجیرههای سبک و سنگین</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> تشکیل شدهاند.</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیرههای سبک</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">بر</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">اساس</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">تفاوت</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">در انتهای</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">کربوکسیلی</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ناحیه</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ثابت خود</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">به</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">دو</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایزوتیپ</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">کاپا (</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">κ</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) و</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">لامبدا (</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">λ</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) تقسیم</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">میشوند. تغییرات قابل توجهی در نسبت زنجیرههای</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">کاپا</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">به لامبدا میتواند در گسترش منوکلونال لنفوسیتهای </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">B</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> در بدخیمی سلولهای </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">B</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> یا در عفونت با ویروس ایدز در دوران جنینی روی دهد. به منظور سنجش دقیق یا هدف گیری اختصاصی زنجیرههای سبک برای اهداف درمانی، ابزارهایی شناسایی اختصاصی دارای حساسیت و ویژگی بالا از جمله آنتی بادیهای منوکلونال مورد نیاز هستند. در این راستا تعیین دقیق اپیتوپهای اختصاصی زنجیرههای سبک حائز اهمیت خاصی است. ایمونولوژی محاسبهای شاخهای از علم ایمونولوژی است که با به کارگیری اطلاعات زیستی موجود در کامپیوتر به تشخیص دقیقتر بیماریها کمک میکند. هدف مطالعه حاضر بررسی و تعیین اپیتوپهای ناپیوسته زنجیره سبک ایمونوگلوبولین انسان توسط ایمونولوژی محاسبهای میباشد. </span></span></span><br>
<strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">روش کار</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">:</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> توالی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">اسید</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های امینه و ساختار سوم</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیره سبک </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> G </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">مرجع انسان در پایگاه اطلاعاتی </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PDB</span></span></span></span><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (</span></span></span></strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Protein Data Bank</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">)، ساختار دوم</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> زنجیره سبک</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توسط نرم افزار </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Phyre2</span></span></span></span><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> (</span></span></span></strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Protein Homology/analogy Recognition Engine V 2.0</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">) و اپیتوپهای ناپیوسته </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> G </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">مرجع انسان توسط نرم افزار </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">CEP</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> تعیین شدند.</span></span></span><br>
<strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">یافتهها</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">:</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> در این مطالعه 5</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">اپی</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توپ</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ناپیوسته</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">در دومین</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ثابت زنجیره سبک </span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> G</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">انسان</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توسط</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">نرم</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">افزار</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> CEP </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">شناسایی</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">شد. اپی</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توپهای فوقالذکر درناحیه قرارگیری اسیدهای آمینه شماره 100 الی 214 واقع شدهاند. </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></span><br>
<strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">نتیجهگیری</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">: در این پژوهش تعدادی از اپیتوپهای ناپیوسته </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">دومین</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ثابت زنجیره سبک ایمونوگلوبولین </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">G</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">انسان شناسایی شدند. این اپیتوپها ابزارهای بسیار ارزشمندی جهت تولید آنتیبادیهای مونوکلونال اختصاصی</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک ایمونوگلوبولین </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">انسان بوده و میتوانند به طور بالقوه برای تولید کیتهای تشخیص اختصاصی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، درمان برخی از بدخیمیهای لنفوسیت </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">B</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، تعیین نقشه اپیتوپهای </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زنجیره سبک</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ایمونوگلوبولین </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">انسان و مطالعات تکاملی مفید باشند. </span></span></span><br>
<strong>Background</strong>: Immunoglobulins are a group of proteins that have important role in defense against microorganisms. Immunoglobulins consist of heavy and light chains. In human, immunoglobulin light chain comprises of two isotypes: Kappa (K) and lambda (λ) based on amino acid differences in carboxylic end of their constant region. Marked changes in the K to λ ratio can happen in monoclonal expansion of neoblastic B cells or HIV infection in neonatal periods. Highly sensitive and specific anti-light chain MAbs have clinical importance in the diagnosis and immunotherapy of patients with B-cell immunoproliferative diseases. Thus, precise determination of specific epitopes in light chains is very important. Computational immunology uses the computational data for more accurate diagnosis of diseases. This study describes determination of conformational epitopes in constant region of human immunoglobulin light chain by computational immunology.<br>
<strong>Methods</strong>: The amino acid residue and third structure of reference human immunoglobulin G light chain was found in PDB database. The second immunoglobulin G structure was defined by Phyre 2 software. Conformational epitopes of the immunoglobulin light chain were specified by CEP software.<br>
<strong>Results</strong>: In this study five conformational epitopes located on constant domain of human immunoglobulin light chain were determined by CEP software. These conformational epitopes were located in 100-214 amino acid sequences of light chains.<br>
<strong>Conclusion</strong>: In this study a number of conformational epitopes located on constant domain of human immunoglobulin light chain were determined. These epitopes are valuable tools for generating specific monoclonal anti-immunoglobulin light chain antibodies and might have possible implication in production of specific diagnostic kits for human immunoglobulin light chain, monitoring of monoclonal light chain diseases, treatment of related B cell tumors, epitope mapping of immunoglobulin light chain and evolutionary studies.<br>
اپی توپ ناپیوسته, ایمونوگلوبولین انسان, زنجیره سبک, ایمونولوژی محاسبه ای
Human Immunoglobulins, Light chains, Conformational epitope, Computational immunology
57
64
http://rjms.iums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3902-1&slc_lang=fa&sid=1
Soheyla
Rohani
سهیلا
روهانی
soheila@yahoo.com
3900319475328460040779
3900319475328460040779
No
Faculty of Medicine, Shahed University
دانشکده پزشکی، دانشگاه شاهد
Fatemeh
Hajighasemi
فاطمه
حاجی قاسمی
fatimahajighasemi@gmail.com
3900319475328460040780
3900319475328460040780
Yes
Shahed University, Tehran, Iran
دانشگاه شاهد، تهران، ایران
Fatemeh
Sefid
فاطمه
سفید
sefid.fateme@yahoo.com
3900319475328460040781
3900319475328460040781
No
Faculty of Basic Science, Shahed University
دانشکده علوم پایه، دانشگاه شاهد