fa غربالگری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌(های) پروتئاز NS3/4A ویروس هپاتیت سی از دو گیاه دارویی Cornus officinalis و Syzygium aromaticum بیولوژی (زیست شناسی) Biology پژوهشي Research <strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">زمینه و هدف</span></span></strong>: <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">عفونت ناشی از ویروس هپاتیت سی یکی از معضلات مهم پیش روی سلامت عمومی ویکی از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان است. بنابراین اخیرا پژوهش</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های زیادی با هدف معرفی ترکیبات جدید و موثر ضد هپاتیت سی بویژه ترکیبات گیاهی انجام شده است. هدف از پژوهش حاضر غربالگری بیوانفورماتیکی مهارکننده</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">(های) پروتئاز ویروس هپاتیت سی از دو گیاه دارویی</span></span></span> <em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Cornus officinalis</span></span></span></span></em> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">و</span></span></span><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> Syzygium aromaticum</span></span></span></span></em> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">می</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">باشد</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">.</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></span><br> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">روش کار</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">: ابتدا ساختار سه بعدی پروتئاز ویروس هپاتیت سی و ترکیبات غالب گیاهان مذکور به ترتیب از پایگاه داده‌های پروتئین و</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Pubchem </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;دریافت شد. سپس خصوصیات فیزیکوشیمیایی ترکیبات گیاهی و پتانسیل سمیت سلولی و جهش زایی آن</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ها با استفاده از نرم افزارهای</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Swiss ADME&nbsp; </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">و</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> Toxtree</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"> پیش‌بینی شد. در نهایت ترکیبات گیاهی و پروتئاز هپاتیت سی در بررسی داکینگ مولکولی با استفاده از نرم افزار</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> iGemdock 2.1 </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">مورد مطالعه قرار گرفتند.</span></span></span><br> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">یافته‌ها</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">: نتایج نشان داد که ترکیبات مورد بررسی فاقد پتانسیل جهش‌زایی و سمیت سلولی هستند. نتایج بدست آمده حاکی از برهمکنش</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های قوی و مناسب ترکیبات مورد مطالعه با آنزیم</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> NS3/4A </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">خصوصا در ناحیه</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">ی مسئول فعالیت پروتئازی است. افزون بر این مشخص شد که 1,2,6</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">-Trigalloylglucose</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">،</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Hyperoside</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Isoquercitrin</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Rhamnetin</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Ursolic acid </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;و</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;"> Methyl salicylate </span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">برهمکنش</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های قوی‌تری را با اسیدآمینه‌های کلیدی جایگاه فعال آنزیم ایجاد می</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">کنند.</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></span><br> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">نتیجه‌گیری</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">: بر اساس نتایج حاصل شده می</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توان نتیجه گرفت که ترکیبات گیاهی مورد بررسی می</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">توانند به عنوان نامزد</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های مناسبی جهت بررسی</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:10.0pt;">های&nbsp; برون و درون تنی به منظور دستیابی به ترکیبات ضد هپاتیت سی مورد ارزیابی قرار گیرند.</span></span></span><br> &nbsp; <strong>Background</strong>: The hepatitis C virus (HCV) infection is a major global health problem and one of the common causes of mortality worldwide<em>.</em> Therefore, currently many studies have been focused on introducing novel and effective anti HCV agents especially plant materials. Therefore, the study was aimed to screening novel HCV protease inhibitor(s) from two medicinal plants including <em>Cornus officinalis </em>and <em>Syzygium aromaticum</em> using bioinformatics tools.<br> <strong>Methods<em>:</em></strong> For this purpose, first three dimension structures of HCV protease and dominant compounds of the plants were retrieval from Protein Data Bank (PDB) and Pubchem database respectively. In the next step, physicochemical properties and probable mutagenic and cytotoxicity effects of the phytochemicals were predicted using Swiss ADME and Toxtree software respectively. And finally, these molecules were subjected to molecular docking studies using iGemdock 2.1 software.<span dir="RTL"></span><br> <strong>Results<em>:</em></strong> The results indicated that any of the phytochemical compounds have cytotoxicity and mutagenic properties. Results also showed that most studied compounds had strong and appropriate interaction with the NS3/4A enzyme especially in the protease region. Furthermore, the results indicated that six compounds including 1,2,6-Trigalloylglucose, Hyperoside, Isoquercitrin, Rhamnetin,&nbsp; Ursolic acid and Methyl salicylate have more strong interactions to key amino acids in the active site of the enzyme .<br> <strong>Conclusion<em>:</em></strong> Based on the results it can be concluded that the mentioned compounds can be good candidates for in vitro and in vivo studies as novel anti-HCV agents. <span dir="RTL"></span> پروتئاز NS3/4A, ویروس هپاتیت سی, بیوانفورماتیک, ترکیبات گیاهی NS3/4A Protease, Hepatitis C Virus, In Silico, Phytochemical Compounds 69 80 http://rjms.iums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3781-1&slc_lang=fa&sid=1 Zahra Shakeran زهرا شاکران shakeran123@yahoo.com 3900319475328460039613 3900319475328460039613 No University of Isfahan, Isfahan, Iran دانشگاه اصفهان Mokhtar Nosrati مختار نصرتی mokhtar.nosrati1393@gmail.com 3900319475328460039612 3900319475328460039612 Yes University of Isfahan, Isfahan, Iran دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Zainab Shakeran زینب شاکران z.shakeran@gmail.com 3900319475328460039614 3900319475328460039614 No University of Isfahan, Isfahan, Iran دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران.