fa بررسی تمایل مجاورت اسیدهای آمینه با یکدیگر در مارپیچهای آلفا بیوشیمی Biochemistry پژوهشي Research <p style="DIRECTION: rtl">به منظور بررسی تمایل اسیدهای آمینه مجاور(دوتایی) در ساختمانهای دوم از نوع مارپیچ آلفا، مکانهای مورد مطالعه در مارپیچ آلفا بدین شکل انتخاب شدند: C’، Ccap، C1، C2، C3، C4، M، N4، N3، N2، N1، Ncap، N’. در این مکانها توالی‌های دوتایی مورد بررسی عبارت بودند از: M1M2، N3N4، N2N3، N1N2، Ncap N1، N’Ncap، CcapC’، C1Ccap، C2C1، C3C2، C4C3. M2M3. ترجیح قرار گرفتن هر اسید آمینه در هر جایگاه مارپیچ آلفا و ترجیح قرار گرفتن 400 توالی دوتایی در جایگاههای دوتایی مختلف مارپیچ آلفا محاسبه و مقایسه شد. بدین منظور یک بانک اطلاعاتی از مارپیچ آلفا با 3705 مارپیچ طراحی شد و مورد استفاده قرار گرفت. در این بانک مارپیچها حداقل دارای 7 اسید آمینه بوده و از مجموعه 696 پروتئین با تشابه کمتر از 25% تشکیل شده بودند. Single Local Propensity(SLP) برای همه 20 اسید آمینه در جایگاههای مختلف مارپیچ آلفا محاسبه گردید. علاوه بر این Observed Doublet Local Propensity(DLPo) که براساس تکرار اسیدهای آمینه دوتایی استوار است و Expected Doublet Local Propensity(DLPe) که بطور مستقیم از روی SLP اندازه‌گیری می شود نیز محاسبه شد. هر گاه ترجیح قرار گرفتن یک جفت اسید آمینه معین در جایگاه دوتایی خاص از مارپیچ آلفا DLPo بیش از ترجیح محاسبه شده توسط حاصل ضرب جایگاههای تکی در مارپیچ آلفا DLPe باشد یا به عبارت دیگر در صورتی که DLPo>>DLPe باشد، این مسئله تمایل 2 اسید آمینه خاص را در مجاورت با یکدیگر در آن جایگاه از مارپیچ آلفا نشان می‌دهد. نتایج حاصل نشان داد که توالیهای دوتایی که در آنها DLPo>>DLPe می‌باشد عبارتند از: Met-Thr در مکان N’Ncap، Glu-Pro در مکان NcapN1، Pro-Arg در مکان N1N2، Lys-His در مکان C2C1، Thr-Gly در مکان C1Ccap و در نهایت Gln-Pro در مکان CcapC’. علاوه بر این، اسید آمینه Gly در مکان Ccap با تمایل زیادی همراه اسید آمینه‌های هیدروفوب در مکان C’ مشاهده می‌شود. بررسی تمایل مجاورت اسیدهای آمینه در مارپیچهای آلفا، می‌تواند در طراحی مارپیچهای آلفای جدید موجود در پروتئینها و ایجاد تغییرات مورد نظر در مارپیچهای آلفا مورد استفاده قرار گیرد.  </p><p>        <br></p> In order to study the tendency of amino acid neighbors in helical structures, proteins with known structures were carefully analyzed. The studied helical positions: N , Ncap, N1, N2, N3, N4, M, C4, C3, C2, C1, Ccap, C and their doublet counterparts: N Ncap, NcapN1, N1N2, N2N3, N3N4, M1M2, M2M3, C4C3, C3C2, C2C1, C1Ccap, CcapC were carefully analyzed. The propensity for all amino acids in different helical positions and also the propensity for all 400 different doublet positions were calculated and compared. For this purpose, a databank of 3705 helices was designed and used. In this database helices were longer than 7 amino acid residues and were derived from 696 non-homologous proteins with less than 25% identity. SLP(Single Local Propensity) for each 20 amino acid in different helical positions was calculated. Furthermore, DLPo or the observed Doublet Local Propencity which is based upon prefered occurrence of paired amino acids in different doublet positions of alpha helices and DLPe or the expected Doublet Local Propensity calculated directly using SLPs was also calculated. If the propensity of a particular doublet in a specific alpha helical positon or DLPo becomes more than the calculated single positions in alpha helices, in other words, DLPo>>DLPe it indicates that this particular doublet has a tendency in staying as neighbors in that particular helical position. Results showed that doublets in which DLPo>>DLPe are as follows: Met-Thr for N’Ncap position, Glu-Pro in NcapN1, Pro-Arg at N1N2, Lys-His in C2C1, Thr-Gly in C1Ccap, and Gln-Pro in CcapC’. It was also seen that Gly in Ccap position has a tendency to neighbor on a hydrophobic amino acid at C’ position. Studying the tendency of amino acids in neighboring each other in alpha helices can be used in designing novel helical structures and can also be used in modifying existing helical structures in proteins. ،: 1 – ساختمان دوم ،2 – انتهای آمینی ،3 – انتهای کربوکسیلیک ، 4 – آنالیز توالیها ، 5 – بیوانفورماتیک Key Words: 1) Secondry structure 2) N-terminal 3) C-Terminal 469 475 http://rjms.iums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-213&slc_lang=fa&sid=1 Z Minuchehr زرین مینوچهر 3900319475328460014785 3900319475328460014785 No B Goliaee بهرام گلیایی 3900319475328460014786 3900319475328460014786 Yes