جلد 28، شماره 12 - ( 12-1400 )
جلد 28 شماره 12 صفحات 165-153 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Research code: 94111
Ethics code: IR.IAU.SRB.REC.1398.006
Clinical trials code: 94111
استاد، دانشگاه تربیت مدرس، دانشکده علوم زیستی، گروه ژنتیک مولکولی، تهران، ایران ، sjmowla@yahoo.com
چکیده: (1318 مشاهده)
زمینه و هدف: توانایی سلولهای بنیادی پرتوان برای تمایز به سمت رده قلبی، خصوصا در زمینه پزشکی بازساختی (Regenerative Medicine) توجه زیادی را به خود جلب کرده است. با این حال ، هدف نهایی برای ترمیم قلب در بیماری‌ها، چالش برانگیز است. سلولهای قلبی مشتق شده از سلولهای بنیادی که تا به امروز توصیف شده‌اند، ویژگی‌های عملکردی و ساختاری نسبتاً نابالغی را نشان می‌دهند. بنابراین توسعه استراتژی‌ها برای رسیدن به درجه بالاتری از بلوغ سلولهای قلبی در شرایط in vitro اهمیت زیادی دارد. هدف از این مطالعه بررسی ژن‌های دارای تفاوت بیان در تمایز به سلولهای قلبی و بررسی اهمیت آن‌ها در شناسایی بیومارکرهای بیماریهای قلبی است.
روش کار: ابتدا فایل‌های خام حاصل از RNA-sequencing نمونههای سلولهای بنیادی و سلولهای قلبی تمایز یافته از آن، از دیتاست با شماره GSE76523 بدست آمده و مراحل آنالیز نمونهها انجام شد. ژن‌های دارای تفاوت بیان در زبان برنامه نویسی R و با پکیج DESeq2 جداسازی شد. سپس، آنالیز عملکردی ژن‌ها از جمله مسیرهای سیگنالینگ، فرآیندهای بیولوژیکی و بیماریهای قلبی و موقعیت‌های کروموزومی تأثیرپذیر از ژن‌های دارای تفاوت بیان در مسیر تمایز مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: نتایج نشان داد 1463ژن در بین نمونههای موردنظر دارای افزایش بیان و 1682 ژن نیز کاهش بیان داشتند. بعلاوه با بررسی آنالیزهای عملکردی مشخص شد ژن‌هایی مانند TTN، MYBPC3، TNNC1، TPM1، ACTC1، MYL2، TNNT2، MYH6 و MYH7 از جمله ژن‌هایی هستد که هم در تمایز سلولهای قلبی و هم در کاردیومیوپاتی اتساعی و کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک نقش خواهند داشت و همچنین موقعیت‌های کروموزومی chr5p11، chr4q، chr11q21 و chr11p1 به ترتیب جزء موقعیت‌های کروموزومی مهم در بین ژن‌های دارای تفاوت بیان بودند.
نتیجه گیری: درنهایت، بررسیهای مولکولی دقیقتر منجر به دستیابی به ژن‌های قابل اعتماد برای شناسایی بیومارکرهای قلبی خواهد شد که برای تحقیقات زیست پزشکی، توسعه دارو و کاربردهای بالینی ضروری است.
روش کار: ابتدا فایل‌های خام حاصل از RNA-sequencing نمونههای سلولهای بنیادی و سلولهای قلبی تمایز یافته از آن، از دیتاست با شماره GSE76523 بدست آمده و مراحل آنالیز نمونهها انجام شد. ژن‌های دارای تفاوت بیان در زبان برنامه نویسی R و با پکیج DESeq2 جداسازی شد. سپس، آنالیز عملکردی ژن‌ها از جمله مسیرهای سیگنالینگ، فرآیندهای بیولوژیکی و بیماریهای قلبی و موقعیت‌های کروموزومی تأثیرپذیر از ژن‌های دارای تفاوت بیان در مسیر تمایز مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: نتایج نشان داد 1463ژن در بین نمونههای موردنظر دارای افزایش بیان و 1682 ژن نیز کاهش بیان داشتند. بعلاوه با بررسی آنالیزهای عملکردی مشخص شد ژن‌هایی مانند TTN، MYBPC3، TNNC1، TPM1، ACTC1، MYL2، TNNT2، MYH6 و MYH7 از جمله ژن‌هایی هستد که هم در تمایز سلولهای قلبی و هم در کاردیومیوپاتی اتساعی و کاردیومیوپاتی هایپرتروفیک نقش خواهند داشت و همچنین موقعیت‌های کروموزومی chr5p11، chr4q، chr11q21 و chr11p1 به ترتیب جزء موقعیت‌های کروموزومی مهم در بین ژن‌های دارای تفاوت بیان بودند.
نتیجه گیری: درنهایت، بررسیهای مولکولی دقیقتر منجر به دستیابی به ژن‌های قابل اعتماد برای شناسایی بیومارکرهای قلبی خواهد شد که برای تحقیقات زیست پزشکی، توسعه دارو و کاربردهای بالینی ضروری است.
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |